Исчезновение Харухи Судзумии

В канун рождества, у обычного школьника Харухи, который совсем недавно перевелся в новую школу, созрел план о том, что стоит устроить вечеринку в честь надвигающегося праздника. Но случились непредвиденные обстоятельства, после чего обычный мир для Кена изменился до неузнаваемости.

Прийдя в себя, после шокирующих событий, он понимает, что Харухи уже не является учеником его школы. Нагато перестал быть пришельцем, а Микуру, с которой он ранее дружил, превратилась в обычную школьницу. Но самое важное и загадочное стало для него то, что никакого загадочного школьника не переводили в их школу.